Izvorni kod stranice Molekula

[[Datoteka:Atisane3.png|thumb|400px|[[Trodimenzionalni prostor|3D]] (levo i centar) i [[Dvodimenzionalni prostor|2D]] reprezentacije [[terpenoid]]nog<ref>{{cite book|last1=Firn|first1=Richard|title=Nature's Chemicals|date=2010|publisher=Oxford: Biology}}</ref> molekula atisana]]

'''Molekul''' ili '''molekula''' ([[novolatinski jezik|novolat.]] ''molecula'': mala masa, od [[latinski jezik|lat.]] ''moles'': masa), stabilna cjelina udruženih atoma. Molekulu čine [[atom]]i (dva ili više) povezani elektronima u [[kovalentna veza|kovalentnoj vezi]].<ref>{{cite book| last = March| first = Jerry| title = Advanced organic chemistry: reactions, mechanisms, and structure| url = https://archive.org/details/advancedorganicc04edmarc| year = 1992| publisher = John Wiley & Sons| isbn = 0-471-60180-2 }}</ref><ref>{{cite book| author = Gary L. Miessler|author2=Donald Arthur Tarr| title = Inorganic chemistry| url = https://archive.org/details/solutionsmanuali0000mies| year = 2004| publisher = Prentice Hall| isbn = 0-13-035471-6 }}</ref> Molekul se može sastojati od atoma istih elemenata (molekul elementa) na primjer kiseonik u vazduhu koji udišemo nalazi se u molekuli O<sub>2.</sub><ref name="iupac">{{GoldBookRef|title=molecule|url=http://goldbook.iupac.org/M04002.html|year=1994}}</ref><ref>{{cite book| last = Puling| first = Linus| title = General Chemistry| year = 1970| publisher = Dover Publications, Inc.| location = New York| isbn = 0-486-65622-5 }}</ref><ref>{{cite book| author = Ebbin, Darrell, D.| title = General Chemistry, 3rd Ed.| year = 1990| publisher = Houghton Mifflin Co.| location = Boston| isbn = 0-395-43302-9 }}</ref><ref>{{cite book| author = Brown, T.L.| coauthors = Kenneth C. Kemp, Theodore L. Brown, Harold Eugene LeMay, Bruce Edward Bursten| title = Chemistry – the Central Science, 9th Ed.| year = 2003| publisher = Prentice Hall| location = New Jersey| isbn = 0-13-066997-0 }}</ref> Može se sastojati i od atoma različitih elemenata (molekul jedinjenja) na primjer vodonik (H) i kiseonik (O) grade vodu H<sub>2</sub>O.

<blockquote><math> H2+0=H2O</math></blockquote>

Molekuli su suviše mali da bi se videli golim okom. Dimenzija su od 0,1 do 100 nanometara (0,0000000001 do 0,00000001 metara) mada ima i izuzetaka. Recimo [[makromolekul]] [[DNK]]<ref>{{Cite book |ref= harv|author=Mount DM |title = Bioinformatics: Sequence and Genome Analysis | edition = 2 | publisher = Cold Spring Harbor Laboratory Press |year=2004| isbn = 0-87969-712-1 | oclc = 55106399 | location = Cold Spring Harbor, NY |url=http://books.google.ca/books?hl=en&lr=&id=bvY21DGa1OwC&oi=fnd&pg=PA1&dq=Bioinformatics:+Sequence+and+Genome+Analysis&ots=gKWF4_Nbrw&sig=62dBP2V9bVzolK4yvEgYVbuQSjY#v=onepage&q=Bioinformatics%3A%20Sequence%20and%20Genome%20Analysis&f=false}}</ref><ref>{{Cite book |ref= harv|aurthor = Carroll SB, Grenier J, Weatherbee SD |title = From DNA to Diversity: Molecular Genetics and the Evolution of Animal Design |edition = Second |publisher = Blackwell Publishing |year=2005|location = Oxford | isbn = 1-4051-1950-0 |url=http://jhered.oxfordjournals.org/content/96/6/725.full}}</ref><ref>{{Cite book |ref= harv|title=Genes |url= https://archive.org/details/genesvi0000lewi_n1p0|author=Benjamin Lewin |publisher = Oxford University Press |edition= 6th ed. |year=1997| isbn = 0-19-857779-6}}</ref> kad bi se izvadio iz jedra ćelije i razmotao dostigao bi dužinu jednog do dva metra. Međutim i tada bi bio nevidljiv jer bi njegovo 'vlakno' bilo prečnika svega 0,000000005 m. Zato se za određivanje veličine i oblika molekula koriste posebne metode [[fizička hemija|fizičke hemije]],<ref>{{cite journal | author = P. Atkins, J. de Paula | title = Physikalische Chemie | volume = 5. | publisher =Wiley-VCH | location = Weinheim | year =2013 | isbn = 3-527-33247-2 | Seiten= }}</ref><ref>{{cite book|author=Peter Jomo Walla|title=Modern Biophysical Chemistry: Detection and Analysis of Biomolecules|url=http://books.google.com/books?id=ej__AwAAQBAJ&pg=PA1|date=8 July 2014|publisher=Wiley|isbn=978-3-527-68354-3|pages=1–}}</ref> a naročito [[Analitička hemija|instrumentalne metode]].<ref name="isbn0-03-002078-6">{{cite book |author=Nieman, Timothy A.; Skoog, Douglas A.; Holler, F. James |title=Principles of instrumental analysis |publisher=Brooks/Cole |location=Pacific Grove, CA |year=1998 |pages= |isbn=0-03-002078-6 |oclc= |doi= |accessdate=}}</ref><ref name="pmid6353577">{{cite journal |doi=10.1126/science.6353577|bibcode = 1983Sci...222..291W |title=Hyphenated techniques for analysis of complex organic mixtures |year=1983 |last1=Wilkins |first1=C. |journal=Science |volume=222 |issue=4621 |pages=291–6 |pmid=6353577 |issn = 0036-8075 }}</ref><ref name="pmid9008869">{{cite journal |doi=10.1002/(SICI)1096-9888(199701)32:1<64::AID-JMS450>3.0.CO;2-7 |title=High-performance Liquid Chromatography/NMR Spectrometry/Mass Spectrometry:Further Advances in Hyphenated Technology |url=https://archive.org/details/sim_journal-of-mass-spectrometry_1997-01_32_1/page/64 |year=1997 |last1=Holt |first1=R. M. |last2=Newman |first2=M. J. |last3=Pullen |first3=F. S. |last4=Richards |first4=D. S. |last5=Swanson |first5=A. G. |journal=Journal of Mass Spectrometry |volume=32 |pages=64–70 |pmid=9008869 |issue=1}}</ref><ref name="pmid9253184">{{cite journal |doi=10.1016/S0021-9673(97)00325-7 |title=Chromatographic and hyphenated methods for elemental speciation analysis in environmental media |year=1997 |last1=Ellis |first1=Lyndon A |last2=Roberts |first2=David J |journal=Journal of Chromatography A |volume=774 |pages=3–19 |pmid=9253184 |issue=1–2}}</ref><ref name="pmid12462614">{{cite journal |doi=10.1016/S0021-9673(02)01228-1 |title=Hyphenated techniques in anticancer drug monitoring |year=2002 |last1=Guetens |first1=G |last2=De Boeck |first2=G |last3=Wood |first3=M |last4=Maes |first4=R.A.A |last5=Eggermont |first5=A.A.M |last6=Highley |first6=M.S |last7=Van Oosterom |first7=A.T |last8=De Bruijn |first8=E.A |last9=Tjaden |first9=U.R |journal=Journal of Chromatography A |volume=976 |pages=229–38 |pmid=12462614 |issue=1–2}}</ref><ref name="pmid12462615">{{cite journal |doi=10.1016/S0021-9673(02)01227-X |title=Hyphenated techniques in anticancer drug monitoring |year=2002 |last1=Guetens |first1=G |last2=De Boeck |first2=G |last3=Highley |first3=M.S |last4=Wood |first4=M |last5=Maes |first5=R.A.A |last6=Eggermont |first6=A.A.M |last7=Hanauske |first7=A |last8=De Bruijn |first8=E.A |last9=Tjaden |first9=U.R |journal=Journal of Chromatography A |volume=976 |pages=239–47 |pmid=12462615 |issue=1–2}}</ref>

[[Stehiometrija|Odnos elemenata]] koji grade jedinjenje,<ref>Zumdahl, Steven S. ''Chemical Principles''. Houghton Mifflin, New York, 2005, pp 148–150.</ref><ref>Internal Combustion Engine Fundamentals, John B. Heywood</ref> izražava se [[Empirijska formula|empirijskom formulom]].<ref>{{GoldBookRef | title = Empirical formula | file = E02063}}</ref> Na primer, vodu grade [[vodonik]] i [[kiseonik]] u odnosu 2:1, H<sub>2</sub>O, a etil [[alkohol]], ([[etanol]]<ref>{{cite journal | last1 = González | first1 = Begoña | last2 = Calvar | first2 = Noelia | last3 = Gómez | first3 = Elena | last4 = Domínguez | first4 = Ángeles | year = 2007 | title = Density, dynamic viscosity, and derived properties of binary mixtures of methanol or ethanol with water, ethyl acetate, and methyl acetate at T = (293.15, 298.15, and 303.15) K | journal = The Journal of Chemical Thermodynamics | volume = 39 | issue = 12 | pages = 1578–1588 | doi = 10.1016/j.jct.2007.05.004 }}</ref>) [[ugljenik]], vodonik i kiseonik u odnosu 2:6:1, C<sub>2</sub>H<sub>6</sub>O. Ovaj odnos ne mora uvek da određuje jedinstveni molekul - [[dimetil etar]]<ref>{{Cite web|url = http://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov/summary/summary.cgi?cid=8254&loc=ec_rcs|title = dimethyl ether - PubChem Public Chemical Database|work = The PubChem Project|location = USA|publisher = National Center for Biotechnology Information}}</ref> ima isti odnos kao etanol, na primer. Molekuli koji se sastoje od istih atoma ali u različitom rasporedu se zovu [[Izomer (hemijski)|izomeri]].<ref>Petrucci R.H., Harwood R.S. and Herring F.G. "General Chemistry" (8th ed., Prentice-Hall 2002), p.91</ref><ref name=Eliel>Ernest L. Eliel and Samuel H. Wilen, ''Stereochemistry of Organic Compounds'' (Wiley Interscience 1994), pp.52-53</ref>

[[Hemijska formula|Hemijska]] ili molekulska formula određuje tačnije redosled atoma koji grade molekul pa je formula [[etanol]]a CH<sub>3</sub>CH<sub>2</sub>OH a dimetiletra CH<sub>3</sub>OCH<sub>3</sub>. Za predstavljanje složenijih molekula gde atomi mogu biti različito raspoređeni u prostoru koriste se strukturne formule. [[Molekulska masa]] je zbir masa atoma koji čine molekul, i poput atomske, izražava se u atomskim jedinicama mase (atomska jedinica mase = 1/12 mase [[izotop]]a <sup>12</sup>C).<ref>Choppin, G.; Liljenzin, J. O. and Rydberg, J.　（1995） ''Radiochemistry and Nuclear Chemistry'' (2nd ed.) Butterworth-Heinemann, pp. 3–5</ref><ref>{{cite journal |doi=10.1038/091057a0 |title=The Radio-Elements and the Periodic Law|url=https://archive.org/details/sim_nature-uk_1913-03-20_91_2264/page/n3 |year=1913 |last1=Soddy|first1=Frederick |journal=Nature |volume=91 |issue=2264|pages=57 |bibcode = 1913Natur..91...57S }}</ref>

Dugo se mislilo da su dužine hemijski veza i njihovi uglovi u molekulu konstantni. Međutim, modernim strukturnim metodama nađeno je da se geometrija hemijske veze neznatno menja, naročito kod složenijih molekula.

== Nauka o molekulima ==

Nauka o molekulima se naziva ''molekulskom hemijom'' ili ''[[molekulska fizika|molekulskom fizikom]]'',<ref>A.R. Leach, Molecular Modelling: Principles and Applications, 2001, {{ISBN|0-582-38210-6}}</ref><ref>Daan Frenkel, Berend Smit Understanding Molecular Simulation: From Algorithms to Applications, 1996, {{ISBN|0-12-267370-0}}</ref> u zavisnosti od toga da li je focus na hemiji ili fizici. Molekulska hemija se bavi zakonima koji vladaju nad interakcijama između molekula koje dovode do formiranja i razlaganja [[hemijska veza|hemijskih veza]], dok se molekulska fizika bavi zakonima o molekulskim strukturama i njihovim svojstvima. Međutim, u praksi razlika nije jasno definisana. U naukama o molekulima, molekul se sastoji od stabilnog sistema sa dva ili više [[atom]]a. [[Poliatomiski jon]]i se mogu smatrati naelektrisanim molekulima. Termin ''nestabilni molekul'' se koristi za veoma [[reaktivnost (hemija)|reaktivne]] vrste, i.e., kratkotrajne konstrakte ([[Rezonancija (hemija)|rezonancije]]) elektrona i [[atomsko jezgro|jezgara]], kao što su [[radikal (hemija)|radikali]],<ref>{{cite journal | last1 = Oakley | first1 = Richard T. | title = Progress in Inorganic Chemistry. Cyclic and Heterocyclic Thiazenes | volume = 36 | pages = 299–391 | year = 1988 | doi = 10.1002/9780470166376.ch4 | format = PDF | url = http://www.chembio.uoguelph.ca/oakley/papers/rto_086.pdf | series = Progress in Inorganic Chemistry | isbn = 978-0-470-16637-6 | date =  | access-date = 2015-06-10 | archive-date = 2015-09-23 | archive-url = https://web.archive.org/web/20150923202507/http://www.chembio.uoguelph.ca/oakley/papers/rto_086.pdf | dead-url = yes }}</ref><ref>{{cite journal | last1 = Rawson | first1 = J | last2 = Banister | first2 = A | last3 = Lavender | first3 = I | title = Advances in Heterocyclic Chemistry Volume 62. The Chemistry of Dithiadiazolylium and Dithiadiazolyl Rings | volume = 62 | pages = 137–247 | year = 1995 | doi = 10.1016/S0065-2725(08)60422-5 | series = Advances in Heterocyclic Chemistry | isbn = 978-0-12-020762-6  }}
</ref> molekulski [[jon]]i,<ref name="lenntech.com">[http://www.lenntech.com/Periodic-chart-elements/ionization-energy.htm Chemical elements listed by ionization energy]. Lenntech.com</ref> [[Rajdbergov molekul|Rajdbergovi molekuli]],<ref>''Molecular Spectra and Molecular Structure, Vol. I, II and III'' Gerhard Herzberg, Krieger Pub. Co, revised ed. 1991.</ref><ref>''Atoms and Molecules: An Introduction for Students of Physical Chemistry'', Martin Karplus and Richard N. Porter, Benjamin & Company, Inc., 1970.</ref> [[prelazno stanje|prelazna stanja]],<ref>{{ cite book|author=Solomons, T.W. Graham & Fryhle, Craig B. |year=2004|title=Organic Chemistry|url=https://archive.org/details/organicchemistry00solo_0 |edition=8th|publisher=John Wiley & Sons, Inc. |isbn= 0-471-41799-8}}</ref><ref>{{Cite book|title=Introduction to Computational Chemistry|publisher= John Wiley and Sons Ltd|location= England|year=1999|author= Frank Jensen}}</ref> [[Van der Valsova veza|van der Valsovi kompleksi]],<ref name=YF>{{Cite book | author = Sears, Francis Weston; Young, Hugh D.; Freedman, Roger A.; Ford, A. G. | authorlink = | editor = | others = | title = Sears and Zemansky's university physics with modern physics | edition = 11th Edition | language = | publisher = Pearson Addison Wesley | location = San Francisco | year = 2004 | origyear = | pages = | quote = | isbn = 0-8053-8684-X | oclc = | doi = | url = | accessdate = }}</ref><ref>Iver Brevik, V. N. Marachevsky, Kimball A. Milton, ''Identity of the Van der Waals Force and the Casimir Effect and the Irrelevance of these Phenomena to Sonoluminescence'', [http://arxiv.org/abs/hep-th/9901011 hep-th/9901011]</ref><ref>{{Cite book |ref= harv|author = Sears, Francis Weston; Young, Hugh D.; Freedman, Roger A.; Ford, A. G. | authorlink = | editor = | others = | title = Sears and Zemansky's university physics with modern physics | edition = 11th Edition | language = | publisher = Pearson Addison Wesley | location = San Francisco | year = 2004 | origyear = }}</ref> ili sistemi kolizirajućih atoma kao u [[Boze–Ajnštajnov kondenzat|Boze-Ajnštajnovom kondenzatu]].<ref>{{cite journal | author=[[Lev Landau|L. Landau]] | title=Theory of the Superfluidity of Helium II | url=https://archive.org/details/sim_physical-review_1941-08-15_60_4/page/n72 | journal=Physical Review | year=1941 | volume=60 | pages=356–358 | doi=10.1103/PhysRev.60.356 | issue=4 |bibcode = 1941PhRv...60..356L }}</ref><ref>{{cite journal | author=M.H. Anderson, J.R. Ensher, M.R. Matthews, C.E. Wieman, and E.A. Cornell | title=Observation of Bose–Einstein Condensation in a Dilute Atomic Vapor | journal=Science | year=1995 | volume=269 | pages=198–201 | jstor=2888436 | doi=10.1126/science.269.5221.198 | pmid=17789847 | issue=5221 |bibcode = 1995Sci...269..198A }}</ref>

== Istorija i etimologija ==
{{Main|Istorija molekulske teorije}}
[[File:Dalton John desk.jpg|thumb|130px|[[John Dalton|Džon Dalton]]<ref>{{cite web
 | last =
 | first =
 | authorlink =
 | title =John Dalton
 | work =
 | publisher =Chemical Heritage Foundation
 | url =http://www.chemheritage.org/discover/online-resources/chemistry-in-history/themes/the-path-to-the-periodic-table/dalton.aspx
 | format =
 | doi =
 | accessdate = 19 January 2014
 | archiveurl = 
 | archivedate = }}</ref><ref>{{cite book | last = Smith | first = R. Angus | title = Memoir of John Dalton and History of the Atomic Theory | publisher=H. Bailliere | location = London | year = 1856 | page = 279 | url = http://books.google.com/?id=ZOsAAAAAYAAJ&pg=PP17&dq=angus+smith+john+dalton | accessdate =24 December 2007 | isbn = 1-4021-6437-8}}</ref>]]
U [[Merriam-Webster]] rečniku<ref>{{cite web |url=http://www.wbrookfieldlibrary.org/charles.html |title=About Charles Merriam |publisher=wbrookfieldlibrary.org |date= |accessdate=2010-02-04 |archivedate=2010-01-27 |archiveurl=https://web.archive.org/web/20100127023200/http://www.wbrookfieldlibrary.org/charles.html |deadurl=yes }}</ref> i [[Onlajn etimološki rečnik|Onlajn etimološkom rečniku]]<ref name ="Ohio U">{{cite web |publisher=Ohio University |title=Online Etymology Dictionary |date=2003 |url=http://infotree.library.ohiou.edu/single-records/2705.html |accessdate=2007-01-05 |archivedate=2007-02-11 |archiveurl=https://web.archive.org/web/20070211224701/http://infotree.library.ohiou.edu/single-records/2705.html |deadurl=yes }}</ref>, reč "molekul" je izvedena iz [[Latinski jezik|latinske reči]] "[[Mol (jedinica)|mol]]" ili mala jedinica mase.

''Molekul'' (1794) – „ekstremno mala čestica“, od fr. ''molécule'' (1678), iz modernog latinskog ''molecula'', diminutiva latinke reči ''moles'' „masa, barijera“. Ovo naizgled neprecizno značenje reči (korišćeno do kasnog [[18. vek]]a samo u latinskoj formi) proističe iz [[René Descartes|Dekartesove]] filozofije.<ref name="Russell2004p516">[[Bertrand Russell]] (2004) [http://books.google.com/books?id=Ey94E3sOMA0C&pg=PA516 ''History of western philosophy'']</ref><ref name="Britannica">{{cite journal|first1=Richard A. |last1=Watson |authorlink1= |title=René Descartes |work=Encyclopædia Britannica |publisher=Encyclopædia Britannica Online. Encyclopædia Britannica Inc |date=31 March 2012 |url=http://www.britannica.com/EBchecked/topic/158787/Rene-Descartes |accessdate=31 March 2012}}</ref>

Definicija molekula je evoluirala sa povećanjem znanja o strukturi molekula. Rane definicije su bile manje precizne, i definisale su molekule kao najmanje [[Spisak čestica|čestice]] čistih [[hemijska supstanca|hemijskih supstanci]] koje zadržavaju svoju [[hemijsko jedinjenje|kompoziciju]] i hemijska svojstva.<ref>[http://antoine.frostburg.edu/chem/senese/101/glossary/m.shtml#molecule Molecule Definition] (Frostburg State University)</ref> Ta definicija često nije održiva, pošto mnoge supstance, kao što su [[stijena|stene]], [[so]]li, i [[metal]]i, sastavljene od velikih kristalnih mreža [[hemijska veza|hemijski vezanih]] atoma ili [[jon]]a, i ne sastoje se od zasebnih molekula.

== Veličina molekula ==
Većina molekula je suviše mala da bi se mogla videti golim okom, mada postoje izuzeci. [[DNK]] [[makromolekul]] može da dosegne [[makroskopske]] veličine,<ref>{{cite book|last=Reif|first=F.|title=Fundamentals of Statistical and Thermal Physics|url=https://archive.org/details/fundamentalsofst00fred|year=1965|publisher=McGraw-Hill|location=Boston|isbn=007-051800-9|edition=International student edition.|page=[https://archive.org/details/fundamentalsofst00fred/page/2 2]|quote=we shall call a system "''macro''scopic" (i.e., "''large'' scale") when it is large enough to be visible in the ordinary sense (say greater than 1 micron, so that it can at least be observed with a microscope using ordinary light).}}</ref><ref>{{cite journal|last1=Jaeger|first1=Gregg|title=What in the (quantum) world is macroscopic?|journal=American Journal of Physics|date=September 2014|volume=82 |issue=9 |pages=896–905 |doi=10.1119/1.4878358|bibcode = 2014AmJPh..82..896J }}</ref> kao i molekuli mnogih [[polimer]]a. Molekuli koji su uobičajeni gradivni blokovi u organskoj sintezi imaju dimenzije od nekoliko [[angstrem]]a (Å) do nekoliko desetina Å. Pojedinačni molekuli se obično ne mogu uočiti putem običnog [[svetlo|svetla]] (kao što je gore pomenuto), ali se mali molekuli i čak obrisi pojedinačnih atoma mogu nazreti u pojedinim okolnostima upotrebom [[Mikroskop atomskih sila|mikroskopa atomskih sila]].<ref name="Lang et. al.">{{cite journal|last=Lang|first=K.M.|author2=D. A. Hite|author3=R. W. Simmonds|author4=R. McDermott|author5=D. P. Pappas|author6=John M. Martinis|title=Conducting atomic force microscopy for nanoscale tunnel barrier characterization|journal=Review of Scientific Instruments|year=2004|volume=75|pages=2726–2731|doi=10.1063/1.1777388|url=http://rsi.aip.org/resource/1/rsinak/v75/i8/p2726_s1|bibcode=2004RScI...75.2726L|issue=8|access-date=2015-06-10|archive-date=2013-02-23|archive-url=https://archive.today/20130223113907/http://rsi.aip.org/resource/1/rsinak/v75/i8/p2726_s1|dead-url=yes}}</ref>

=== Najmanji molekulski prečnik ===
Najmanji molekul je [[Diatomski molekul|diatomski]] [[vodonik]] (H<sub>2</sub>), sa dužinom veze od 0,74 Å.<ref>{{cite book| author = Roger L. DeKock |author2=Harry B. Gray|author3=Harry B. Gray| title = Chemical structure and bonding| url = http://books.google.com/?id=q77rPHP5fWMC&pg=PA199| date = 1989| publisher = University Science Books| isbn = 0-935702-61-X| page = 199 }}</ref><ref>{{cite book|last=Hammond|first=C.R.|title=Handbook of Chemistry and Physics|year=2012 |url=http://www.hbcpnetbase.com//articles/04_01_91.pdf|chapter=Section 4: Properties of the Elements and Inorganic Compounds}}</ref>

=== Najveći molekulski prečnik ===
[[Mezoporozna silika]] je proizvedena sa dijametrom od 1000 Å (100&nbsp;nm)<ref>{{cite journal |url = http://pubs.acs.org/doi/abs/10.1021/ac303274w |title = Sub 2-μm Macroporous Silica Particles Derivatized for Enhanced Lectin Affinity Enrichment of Glycoproteins |author = Benjamin F. Mann , Amanda K. P. Mann , Sara E. Skrabalak , and Milos V. Novotny |journal = Anal. Chem. |year = 2013 |volume = 85 |issue = 3 |pages = 1905–1912 |doi = 10.1021/ac303274 }}</ref><ref name="katiyar">{{cite journal|author=Katiyar, Amit; Yadav, Santosh; G, Panagiotis; Neville, Smirniotis; Pinto, G|title=Synthesis of ordered large pore SBA-15 spherical particles for adsorption of biomolecules|journal=Journal of Chromatography|volume=1122 |year=2006|pages=13–20 doi=10.1016/j.chroma.2006.04.055 |pmid=16716334|issue=1–2}}</ref><ref name="trewyn">{{cite journal|author=Trewyn, Brian G; Nieweg, Jennifer A; Zhao, Yannan; Lin, Victor S.-Y.|title=Biocompatible mesoporous silica nanoparticles with different morphologies for animal cell membrane penetration|journal=Chemical Engineering Journal|issue=137 |year=2007|pages=23–29 |doi=10.1016/j.cej.2007.09.045|volume=137}}</ref>

=== Prečnik ===
''Efektivni molekulski prečnik'' je veličina koji molekul ima u rastvoru.<ref>{{cite journal
|author=Chang RL |author2=Deen WM |author3=Robertson CR |author4=Brenner BM.
|title=Permselectivity of the glomerular capillary wall: III. Restricted transport of polyanions
|url=https://archive.org/details/sim_kidney-international_1975-10_8_4/page/212 |journal=Kidney Int.
|volume=8
|issue=4
|pages=212–218
|date=1975
|pmid=1202253
|doi=10.1038/ki.1975.104
}}</ref><ref>{{cite journal
|author=Chang RL |display-authors=4  |author2=Ueki IF |author3=Troy JL |author4=Deen WM |author5=Robertson CR |author6=Brenner BM.
|title=Permselectivity of the glomerular capillary wall to macromolecules. II. Experimental studies in rats using neutral dextran
|url=https://archive.org/details/sim_biophysical-journal_1975-09_15_9/page/887 |journal=Biophys J.
|volume=15
|issue=9
|pages=887–906
|date=1975
|pmid=1182263
|doi=10.1016/S0006-3495(75)85863-2
|pmc=1334749
|bibcode = 1975BpJ....15..887C }}</ref>
[[Tabela permselektivnosti za razne supstance]] sadrži primere.<ref name=boron>{{cite book |author=Walter F. Boron, Emile L. Boulpaep |title=Medical Physiology: A Cellular And Molecular Approach |year=2005 |url=https://archive.org/details/medicalphysiolog0000boro |publisher=Elsevier/Saunders |location= |pages= |isbn=1-4160-2328-3 |oclc= |doi=}} Page 761</ref>

== Formule molekula ==
=== Tipovi hemijskih formula ===
{{main|Hemijska formula}}
[[Hemijska formula]] molekula se sastoji od niza simbola [[hemijski element|hemijskih elemenata]], brojeva, a ponekad i drugih simbola, kao što su male, srednje i vitičaste zagrade, crtice, ''plus'' (+) i ''minus'' (−) znaci. Formule su ograničene na pojedinačne tipografske linije simbola, koje mogu da obuhvate subskripte i superskripte.

[[Empirijska formula]] jedinjenja je veoma jednostavni tip hemijske fromule. Ona je najjednostavniji [[Cijeli broj|celobrojni]] [[odnos]] [[hemijski element|hemijskih elemenata]] od kojih se jedinjenje sastoji. Na primer, voda se uvek sastoji od atoma [[vodonik]]a i [[kiseonik]]a u odnosu 2:1, a etil [[alkohol]] ili [[etanol]] se uvek sastoji od [[ugljenik]]a, [[vodonik]]a, i [[kiseonik]]a u odnosu 2:6:1. Međutim, to jedistveno ne određuje vrstu molekula – na primer [[dimetil etar]] ima isti odnos atoma kao etanol. Molekuli sa istim [[atom]]ima u različitim aranžmanima se nazivaju [[izomer]]ima. Takođe [[ugljeni hidrati]], na primer, imaju isti odnos (ugljenik:vodonik:kiseonik = 1:2:1) (i stoga istu empirijsku formulu), ali različite totalne brojeve atoma u molekulu.

[[Molekulska formula]] odražava precizan broj atoma od kojih se molekul sastoji i tako karakteriše različite molekule. Različiti izomeri mogu da imaju isti atomski sastav, mada su različiti molekuli.

[[Empirijska formula]] je obično ista kao i molekulska formula, iako to nije uvek slučaj. Na primer, molekul [[acetilen]]a ima molekulsku formulu C<sub>2</sub>H<sub>2</sub>, dok je najjednostavniji celobrojni odnos elemenata CH.

[[Molekulska masa]] se može izračunati iz [[hemijska formula|hemijske formule]] i izražava se u konvencijalnoj [[atomska jedinica mase|atomskoj jedinici mase]] jednakoj 1/12 mase neutralnog atoma ugljenika-12 (<sup>12</sup>[[ugljenik|C]] [[izotop]]a). Za umrežene čvrste materije se koristi termin [[formula jedinice]] u [[Stehiometrija|stehiometrijskim]] proračunima.

=== Strukturna formula ===
{{main|Strukturna formula}}
[[File:Cobalamin skeletal.svg|thumb|200px|Skeletalna strukturna formula [[Vitamin B12|vitamina B12]].<ref name=AJCN>{{cite journal|pmid=3046314|last=Herbert|first=Victor|url=http://www.ajcn.org/content/48/3/852.full.pdf+html|year=1988|title=Vitamin B-12: Plant sources, requirements, and assay|volume=48|issue=3 Suppl|pages=852–8|journal=The American journal of clinical nutrition}}</ref><ref>{{Cite journal|author= Wakayama EJ, Dillwith JW, Howard RW, Blomquist GJ| title= Vitamin B<sub>12</sub> levels in selected insects| journal= Insect Biochemistry| year= 1984| volume= 14| pages= 175–179| doi= 10.1016/0020-1790(84)90027-1|issue= 2| last2= Dillwith| last3= Howard| last4= Blomquist}}</ref><ref>{{Cite journal|author= Albert MJ, Mathan VI, Baker SJ| title= Vitamin B<sub>12</sub> synthesis by human small intestinal bacteria| journal= INature| year= 1980| volume= 283| pages= 781–782| doi= 10.1038/283781a0|issue= 5749| pmid=7354869| last2= Mathan| last3= Baker}}</ref> Mnogi [[Organsko jedinjenje|organski molekuli]] su suviše komplikovani da bi se specificirali hemijskom formulom (molekulskom formulom).]]

Za molekule sa komplikovanom trodimenzionom strukturom, posebno kod molekula koji sadrže atome sa četiri različita supstituenta, jednostavna molekulska formula ili čak polustrukturna [[hemijska formula]], nije dovoljna da potpuno opiše molekul. U tom slučaju se koristi grafički tip formule koji se naziva [[strukturna formula|strukturnom formulom]].<ref name="IUPAC-2006"/><ref name="IUPAC-2006">{{cite journal | author = J. Brecher | title = Graphical representation of stereochemical configuration (IUPAC Recommendations 2006) | journal = Pure and Applied Chemistry | year = 2006 | volume = 78 | issue = 10 | pages = 1897–1970 | url = http://www.iupac.org/publications/pac/pdf/2006/pdf/7810x1897.pdf | doi = 10.1351/pac200678101897 }}</ref> Strukturne formule mogu da se predstave jednodimenzionim hemijskim imenom, mada takva [[IUPAC nomenklatura|hemijska nomenklatura]] zahteva znatan broj reči i članova koji nisu deo hemijskih formula.<ref>{{citation | title = Nomenclature of Organic Chemistry | origyear = 1958 (A: Hydrocarbons, and B: Fundamental Heterocyclic Systems), 1965 (C: Characteristic Groups) | year =1971 | edition = 3rd  | publisher = Butterworths | location = London | isbn = 0-408-70144-7}}.</ref><ref name="blue book">{{BlueBook1979}}. {{BlueBook1993}}. {{BlueBook2004}}.</ref><ref>{{citation | title = Compendium of Terminology and Nomenclature of Properties in Clinical Laboratory Sciences | series = IMPACT Recommendations 1995 | location = Oxford | publisher = Blackwell Science | isbn = 0-86542-612-0}}.</ref>

{| class="wikitable centered" style="text-align:center"
|+ Poređenje različitih formula na različitim nivoima apstrakcije.
|-
! rowspan="2" style="height:30px; width: 12.5%" | 
! colspan="4" style="height:15px" | [[Strukturna formula|Strukturne formule]]
! colspan="3" style="height:15px" | Ostali oblici
|-
! style="width: 12.5%"| [[Luisova struktura]]
! style="width: 12.5%"| Valentna formula
! style="width: 12.5%"| Nata projekcija
! style="width: 12.5%"| Skeletalna formula
! style="width: 12.5%"| Konstituciona formula
! style="width: 12.5%"| [[Kemijska formula|Molekulska formula]] 
! style="width: 12.5%"| [[Empirijska formula]]
|-
| style="background-color:#EFEFEF" | [[Metan]]
| [[File:Methan Elektronenformel.svg|80px]]
| [[File:Methan Lewis.svg|80px]]
| [[File:Methan Struktur.svg|80px]]
| style="background-color:#FFFFFF" | ne postoji
| CH<sub>4</sub> 
| CH<sub>4</sub>
| CH<sub>4</sub>
|-
| style="background-color:#EFEFEF" | [[Propan]]
| [[File:Propan Elektronenformel.svg|80px]]
| [[File:Propan Lewis.svg|80px]] 
| [[File:Propan Struktur.svg|80px]]
| style="background-color:#FFFFFF" |[[File:Propan Skelettformel.svg|60px]]
| CH<sub>3</sub>–CH<sub>2</sub>–CH<sub>3</sub>
| C<sub>3</sub>H<sub>8</sub>
| C<sub>3</sub>H<sub>8</sub>
|-
| style="background-color:#EFEFEF" | [[Sirćetna kiselina]]
| [[File:Essigsäure Elektronenformel.svg|80px]]
| [[File:Essigsäure Valenzstrichformel.svg|80px]]
| [[File:Essigsäure Struktur.svg|80px]]
| style="background-color:#FFFFFF" |[[File:Essigsäure Skelettformel.svg|60px]]
| CH<sub>3</sub>–COOH
| C<sub>2</sub>H<sub>4</sub>O<sub>2</sub>
| CH<sub>2</sub>O
|-
| style="background-color:#EFEFEF" | [[Voda]]
| [[File:Wasser Elektronenformel.svg|60px]]
| [[File:WasserValenz.svg|60px]]
| [[File:WasserKonstitution.svg|60px]]
| style="background-color:#FFFFFF" | ne postoji
| ne postoji
| H<sub>2</sub>O
| H<sub>2</sub>O
|}

Opšti prostorni molekularni modeli su [[prostorno-punjavajući model|prostorno-punjavajući]] i [[model štapića i kugle|štapićasti]] model.

== Geometrija molekula ==
{{Main|Geometrija molekula}}

Molekuli imaju fiksne [[mehanička ravnoteža|ravnotežne]] geometrije — dužine veza i uglova — oko kojih oni neprestano osciluju putem vibracionih i rotacionih kretanja. Čiste supstance se sastoje od molekula sa istim prosečnim geometrijskim strukturama. Hemijska formula i struktura molekula su dva važna faktora koji određuju njegova svojstva, posebno njegovu [[reaktivnost (hemija)|reaktivnost]]. [[Izomer]]i imaju istu hemijsku formulu ali normalno imaju veoma različite osobine usled njihovih različitih struktura. [[Stereoizomer]]i, specifični tip izomera, mogu da imaju veoma slična fizičko-hemijska svojstva, a istovremeno različite [[biohemija|biohemijske]] aktivnosti.<ref>{{Cite book |ref= harv|title = Stereochemistry of Organic Compounds |edition = 1 |author = Ernest L. Eliel, Samuel H. Wilen |year=1994|publisher = Wiley, John & Sons, Incorporated | isbn = 0-471-01670-5 |url = http://books.google.com/books?id=IyfwAAAAMAAJ&q=Stereochemistry+of+Organic+Compounds&dq=Stereochemistry+of+Organic+Compounds&hl=en&sa=X&ei=E_6eUPnoE4jDiwKptYGABg&ved=0CDsQ6AEwAQ}}</ref><ref>{{Cite book |ref= harv|title =  Basic Organic Stereochemistry |author = Ernest L. Eliel, Samuel H. Wilen, Michael P. Doyle |publisher = Wiley-Interscience |etition = 1. edition |year=2001 | isbn = 0-471-37499-7 |url = http://books.google.com/books?id=wSXwAAAAMAAJ&q=Basic+Organic+Stereochemistry&dq=Basic+Organic+Stereochemistry&hl=en&sa=X&ei=zf6eUMO0H-TdigK7oIH4Cg&ved=0CDgQ6AEwAA}}</ref>

== Molekulska spektroskopija ==
{{Main|Spektroskopija}}

'''Molekulska spektroskopija''' se bavi responsom ([[frekventni spektar|spektrom]]) molekula koji interaguju sa testnim signalima poznate [[energija|energije]] (ili [[frekvencija|frekvencije]], u skladu sa [[Plankova konstanta|Plankovom formulom]]). Molekuli imaju kvantizovane energijske nivoe, koji se mogu analizirati detektovanjem molekulske energije razmene putem [[Apsorbancija|apsorbancije]] ili [[Emisioni spektar|emisije]].<ref name="iupac2">{{GoldBookRef|title=spectroscopy|doi=10.1351/goldbook.S05848|year=1997,2006}}</ref>
Spektroskopija se generano ne odnosi na [[difrakcija|difrakcione]] studije gde čestice poput [[neutron]]a, [[elektron]]a, ili visoko energetskih [[X-zrake|X-zraka]] formiraju interakcije sa regularnim aranžmanom molekula (kao što je to slučaj sa kristalima).

== Teoretski aspekti ==
Izučavanje molekula u molekulskoj fizici i [[Teoretska hemija|teoretskoj hemiji]] je uglavnom bazirano na [[kvantna mehanika|kvantnoj mehanici]] i esencijalno je za razumevanje [[hemijska veza|hemijske veze]]. Najjednostavniji molekul je [[vodonični molekulski jon]], H<sub>2</sub><sup>+</sup>, i najjednostavnija od svih hemijskih veza je [[Kovalentna veza|jednoelektronska veza]]. H<sub>2</sub><sup>+</sup> se sastoji od dva pozitivno naelektrisana [[proton]]a i jednog negativno naelektrisanog [[elektron]]a, što znači da se [[Šredingerova jednačina]] sistema može lakše rešiti usled nedostatka elektron–elektron repulzije. Sa razvojem brzih digitalnih računara, aproksimativna rešenja za komplikovanije molekule su postala moguća i jedan su od glavnih aspekata [[računarska hemija|računarske hemije]].<ref>{{Cite book |ref= harv|last=Shankar |first=R.|year=1994 |title=Principles of Quantum Mechanics|url= https://archive.org/details/principlesofquan0000shan_x3c9|edition=2nd |pages=[https://archive.org/details/principlesofquan0000shan_x3c9/page/143 143]-|publisher=Kluwer Academic/Plenum Publishers |isbn=978-0-306-44790-7|ref=harv}}</ref><ref>{{Cite book |ref= harv|author= P. A. M. Dirac |author-link=Paul Dirac |title= Principles of Quantum Mechanics  |url= https://archive.org/details/principlesofquan0000dira| edition = 4th | publisher= Oxford University Press |year=1958}}</ref><ref>{{Cite book |ref= harv|author=Müller-Kirsten, H. J. W. | title=Introduction to Quantum Mechanics: Schrödinger Equation and Path Integral | edition=2nd | publisher=World Scientific | year=2012 | isbn=978-981-4397-74-2}}</ref>

U pokušaju da rigorozno definiše aranžman atoma koji je dovoljno stabilan da bi se smatrao molekulom, IUPAC sugeriše da on mora da odgovara „udubljenju na [[povšina potencijalne energije|površini potencijalne energije]] koje je dovoljno duboko da ograniči bar jedno vibraciono stanje“.<ref name="iupac"/> Ova definicija nije zavisna od prirode interakcije između atoma, nego samo od jačine interakcije. Zapravo, ona obuhvata samo slabo vezane vrste aranžmana koji se tradicionalno ne bi smatrali molekulima, kao što su [[helijum]]ski [[Dimer (hemija)|dimer]], He<sub>2</sub>, koji ima jedno vibraciono [[vezano stanje]]<ref>{{cite journal |author=Anderson JB |title=Comment on "An exact quantum Monte Carlo calculation of the helium-helium intermolecular potential" [J. Chem. Phys. 115, 4546 (2001)] |journal=J Chem Phys |volume=120 |issue=20 |pages=9886–7 |date=May 2004 |pmid=15268005 |doi=10.1063/1.1704638 |bibcode = 2004JChPh.120.9886A }}</ref> i u toj meri je labavo vezan da se jedino može uočiti na veoma niskim temperaturama.

Da li je ili ne aranžman atoma „dovoljno stabilan“ da bi se smatrao molekulom je inherentno operaciona definicija. Filozofski, stoga, molekul nije fundamentalni entitet (u kontrastu, na primer sa [[elementarna čestica|elementarnom česticom]]<ref name=PFIp1-3>
{{cite book
 |author1=Sylvie Braibant
 |author2=Giorgio Giacomelli
 |author3=Maurizio Spurio
 |year=2012
 |title=Particles and Fundamental Interactions: An Introduction to Particle Physics
 |url=http://books.google.com/books?id=e8YUUG2pGeIC&pg=PA1
 |edition=2nd |pages=1–3
 |publisher= Springer 
 |isbn=978-94-007-2463-1
}}</ref>); već je koncept molekula hemičarski način pravljenja korisnih izjava o jačini interakcija na atomskoj skali.

== Povezano ==
* [[Atom]]
* [[Van der Valsov molekul]]
* [[Diatomski molekul]]
* [[Geometrija molekula]]
* [[Mali molekul]]
* [[Efuzija]], vrsta protoka gasnih molekula
* [[Hemijska polarnost]]
* [[Molekulska geometrija]]
* [[Kovalentna veza]]
* [[Nekovalentno vezivanje]]
* [[Molekularni Hamiltonijan]]
* [[Molekularni jon]]
* [[Molekulska orbitala]]
* [[Molekulsko modelovanje]]
* [[Softver za molekulski dezajn]]
* [[Periodni sistem malih molekula]]

== Reference ==
{{reflist|2}}

== Literatura ==
{{refbegin|2}}
* {{Cite book |ref= harv|last=Zumdahl|first= Steven S. |title=Chemistry, 4th ed.|location= Boston |publisher=Houghton Mifflin|year=1997|isbn=978-0-669-41794-4}}
* {{Cite book |ref= harv|last=Chang|first=Raymond|title=Chemistry, 6th Ed.|url= https://archive.org/details/chemistry0006chan|location=New York|publisher=McGraw Hill|year=1998|isbn=978-0-07-115221-1}}
* {{Cite book |ref= harv|last=Brown|first=T.L. |title=Chemistry – the Central Science, 9th Ed.|location=New Jersey|publisher=Prentice Hall|year=2003|isbn=978-0-13-066997-1}}
* {{Cite book |ref= harv|last=Ebbin|first=Darrell, D. |title=General Chemistry, 3rd Ed.|location=Boston|publisher=Houghton Mifflin Co.|year=1990|isbn=978-0-395-43302-7}}
* {{Cite book |ref= harv|last=Pauling|first=Linus|title=General Chemistry|location=New York|publisher=Dover Publications, Inc.|year=1970|isbn=978-0-486-65622-9}}
* ''Татевский, Владимир Михайлович'' Квантовая механика и теория строения молекул. — М.: Изд-во МГУ, [[1965]]. — 162 с.
* ''Бейдер, Ричард'' Атомы в молекулах. Квантовая теория. — М.: Мир, [[2001]]. — 532 c. {{ISBN|5-03-003363-7}}
* ''Минкин, Владимир Исаакович, Симкин Б. Я., Миняев Р. М.'' [http://www.odessamore.com/physics-of-molecules/library/books/minkin.djvu Теория строения молекул.] — М.: Высшая школа, [[1979]]. — 408 с.
* Кук Д., Квантовая теория молекулярных систем. Единый подход. Пер с англ. М.: Интеллект, 2012. — 256с. {{ISBN|978-5-91559-096-9}}

{{refend}}

== Vanjske veze ==
{{Commonscat|Molecules}}
* [http://www.chm.bris.ac.uk/motm/motm.htm Molecule of the Month] – School of Chemistry, University of Bristol
* [http://interneturok.ru/video/fizika/7_klass/pervonachalnye_svedeniya_o_stroenii_vewestva/molekuly/ Молекулы] {{Webarchive|url=https://web.archive.org/web/20101125204912/http://interneturok.ru/video/fizika/7_klass/pervonachalnye_svedeniya_o_stroenii_vewestva/molekuly/ |date=2010-11-25 }} (видеурок, программа 7 класса)
* [http://goldbook.iupac.org/M04002.html Molecule // IUPAC Gold Book]
* [http://goldbook.iupac.org/M03986.html Molecular entity // IUPAC Gold Book]
* [http://www.xumuk.ru/encyklopedia/2650.html  Молекула: Сайт о Химии]
* [http://ufn.ru/ru/articles/1927/3/c/  Шредингер Э. Волновая теория механики атомов и молекул. УФН 1927]
* [http://www.femto.com.ua/articles/part_1/2328.html Статья ''«Молекула»'' в Физической энциклопедии]

{{Materija}}

[[Kategorija:Materija]]
[[Kategorija:Molekularna fizika]]
[[Kategorija:Molekuli]]